期刊简介
本杂志系中华人民共和国卫生主管，中国输血协会与中国医学科学院输血研究所主办的国内输血医学专业唯一公开发行的国家级学术刊物，中文临床、特种医学类核心期刊，中国生物医学核心期刊。报道有关输血的临床实践、基础研究、献血与健康，以及血液制品的开发与生产等方面的最新成就，多角度地客观反映国内输血医学及输血科学的进展与水平。
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首页>中国输血杂志
- 杂志名称：中国输血杂志
- 主管单位：中华人民共和国卫生部
- 主办单位：中国输血协会 中国医学科学院输血研究所
- 国际刊号：1004-549X
- 国内刊号：51-1394/R
- 出版周期：月刊
期刊荣誉：中文临床医学、特种医学类核心期刊期刊收录：CA 化学文摘(美), 北大核心期刊(中国人文社会科学核心期刊), 维普收录(中), 上海图书馆馆藏, 万方收录(中), 统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊), 国家图书馆馆藏, 知网收录(中)
深度测序法在检测HCV不同基因型/亚型混合感染中的应用
许茹；黄杰庭；王敏；梁明月；廖峭；黄珂；熊华平；戎霞；付涌水
关键词：丙型肝炎病毒, HCV混合型感染, 深度测序, HCV基因型, 亚型
摘要：目的 将深度测序法用于HCV感染者中不同基因型/亚型混合感染的检测.方法 2例HCV RNA阳性血浆标本(标记为1和2号标本),以NS5B.和E1编码区为目的基因,经RT-PCR扩增后做sanger核苷酸序列测定,对其做基因分型发现2个编码区的分型结果后,重复3次NS5B基因PCR扩增;合并3次PCR产物用Ion TorrentTM半导体测序仪做深度测序.获得的序列用Geneious软件的“The map to reference algorithm”和“De novo assembly”2种方法做序列分析和比对,并用Mega 5构建进化树.结果 sanger测序:1、2号标本NS5B基因分型均为1b,E1基因分型均为2a;深度测序:2个标本均为HCV1b与2a混合感染,其中The map to reference algorithm(Geneious)方法显示,1号标本中1b占92.7％、2a占3.8％、没有比对到的序列(unused seq)占3.5％,2号标本相应为84.3％、5.4％,没有比对到的序列占10.3％;De novo assembly(Geneious)方法显示,1号标本中1b占96.3％、2a占3.7％,2号标本相应为94.1％、5.9％.结论 深度测序技术可以精确地获得HCV混合感染的不同基因型/亚型信息,De novo assembly(Ge-neious)分析HCV的深度测序数据更为精确和直观.
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